Первым научным учреждением города Фрунзе стал Академический центр, учрежденный в 1924 году. Через год вместо него была создана Научная комиссия при Областном отделе народного образования, которая руководила научными исследованиями, а так же составляла и издавала учебные пособия.
В марте 1927 года принял первых посетителей Государственный музей Киргизстана. Им организовывались экспедиции для проведения комплексных исследований отдельных районов Киргизии, особое внимание обращалось на сбор историко-этнографического материала. В 1928 году был организован первый научно-исследовательских институт – Институт краеведения, проводивший изучение природных богатства и культуры края. В 1930 году на его базе создаются два самостоятельных научно-исследовательских института: НИИ животноводства и институт культуры. Последний в 1932 году был преобразован в Институт культурного строительства.
В конце 20-х годов помимо этих учреждений, в городе Фрунзе работали Киргизское метеорологическое бюро при Наркомате земледелия, ветеринарно-бактериологическая, сейсмическая, селекционная и сельскохозяйственная опытные станции, почвенно-ботаническое бюро.
Параллельно с местными научными учреждениями проводили научно-исследовательскую работу на территории Киргизии Среднеазиатский государственный университет, Академия Наук СССР и другие научные учреждения. Во второй половине 20-х и начале 40-х годов были открыты НИИ: киргизского языка и письменности в 1936 году, на базе Института культурного строительства, преобразованный в 1941 году в Институт языка, литературы и истории; эпидемиологии; микробиологии и гигиены (1938 год); Ботанический сад (1938 год); при пединституте действовала историко-археологическая экспедиция (1937)
